Un Centre de Santé Communautaire (CSCOM) est implanté à Boni depuis le milieu des années 90. jusqu'en 2009, il a été dirigé par un infirmier, assisté de deux aide-soignants, d'une ou deux « matrones » et d'un gérant de pharmacie.
Le CSCOM est la seule structure sanitaire de la commune. Il dépend médicalement du Centre de Santé de Référence (CSREF) de Douentza dirigé par un médecin-chef et ses adjoints qui sont formés à de petites interventions chirurgicales (césariennes en particulier). Pour des soins un peu plus complexes il faut s'adresser à l'Hôpital Régional (HR) de Mopti où certains examens (biologie et radiographies) peuvent être réalisés. Pour des avis ou des examens plus spécialisés il faut se rendre à Bamako.
Bien sûr il faut ajouter à cela une médecine traditionnelle bien présente qui est souvent le premier recours, en particulier dans les villages éloignés.
Matrone dans la salle d'accouchement du Centre de Santé Communautaire (CSCOM) de Boni.
CSCOM de Boni, un bâtiment plus dégradé qu'il n'y paraît par le climat très rude.
